南瓜冷庫適宜的貯藏溫度為0~3℃。  要注意庫內溫度穩定，安全貯藏溫度應控制在±1℃，庫溫上下波動不宜超過2℃，溫度波動過大易造成霉菌滋生、腐爛的機率。

濕度也是影響蔬菜水分，保持蔬菜品質和風味的重要因素，因此南瓜冷庫適宜的相對濕度為80%~85%。

如果庫內濕度不足時，可用普通空氣加濕器或微波空氣加濕器進行加濕，以保持庫內濕度穩定。采用此方法，南瓜可以保存3~5個月左右，而且南瓜的營養物質也不流失。